Kmetija, ki se odloči za rejo kokoši, za prodajo jajc, lahko sama izbira način sistema reje.
Poznamo štiri načine reje kokoši. To je lahko ekološka, pašna, talna ali baterijska reja. Vsaka reja ima svoje prednosti in svoje slabosti, ki se odražajo na kakovosti jajc, ki se med seboj razlikujejo po svojemu videzu; lupini – njeni trdnosti, obliki in barvi, ter po videzu in barvi rumenjaka, ter po svoji vsebini (okus vsebine, prisotnost mesnih peg). V Sloveniji je od leta 2012, v skladu z evropsko direktivo, ki nalaga minimalne standarde za zaščito kokoši nesnic, prepovedana reja kokoši v klasičnih baterijah oziroma kletkah (z izjemo rej, ki redijo do 350 kokoši in ki prodajajo jajca le doma, končnemu potrošniku).
V Sloveniji prevladuje baterijska reja v obogatenih kletkah, sledi ji hlevska (talna) reja, malo pa je pašne (2%) in ekološke reje (1%).
Gospodarstva, ki redijo manj kot 350 kokoši nesnic in jajca prodajajo izključno na kmetiji neposredno končnemu potrošniku, morajo biti vpisani v evidenco imetnikov rejnih živali v skladu s Pravilnikom o Evidenci imetnikov rejnih živali in Evidenci rejnih živali (Uradni list RS, št. 87/14 in 15/16).
Zgoraj navedeno velja tudi za gospodarstva, ki redijo 50 ali manj kokoši nesnic in jajca prodajajo na lokalni tržnici, ali na stojnic neposredno končnemu potrošniku.
Za rejo manjše jate potrebujemo hlevček ali vsaj ustrezen prostor v kakšnem drugem objektu. Biti mora suh in zračen. Če želimo, da bodo kokoši nesle jajca tudi v obdobju krajšega dneva, jim moramo zagotoviti dovolj svetlobe, to je 14 ur na dan. Prostor moramo vsaj enkrat na leto izprazniti, ga temeljito oprati in razkužiti. Na tla posujemo nastil, to je lahko žagovina, še bolje oblanci ali narezana slama. Biti mora suh, ne sme se prašiti in mora imeti dobro vpojno sposobnost za vlago. Po njem kokoši brskajo, izvajajo prašno kopel in se s tem zaposlijo. Moker, zbit nastil moramo redno odstranjevati. V hlevu montiramo grede, ki so zgoraj zaobljene, na katerih kokoši počivajo. Eni namenimo približno 15 cm dolžine gredi. Kokoši nesnice potrebujejo tudi gnezdo dimenzij 30 krat 30 krat 30 cm z mehkim nastiljem, npr. oblanci ali slamo. Postavljeno naj bo na mestu, kjer se bodo udobno počutile. Eno zadostuje za približno sedem kokoši. Zagotoviti je treba tudi krmilnike in napajalnike. Seveda moramo skrbeti za čistočo opreme.
Gospodarstva, ki redijo več kot 50 kokoši in jajc ne prodajajo samo na domu ter gospodarstva, ki jajca prodajajo šolam in vrtcem, gostilnam, menzam, drugim maloprodajnim obratom (trgovinam), ne glede na število kokoši, morajo izpolnjevati vse pogoje glede registracije obratov za, zaščite živali, monitoringa in nadzora salmonel ter označevanja in razvrščanja jajc po kakovosti in masi.
Takšen obrat za za primarno pridelavo jajc mora biti vpisan v evidenco imetnikov rejnih živali v skladu s Pravilnikom o Evidenci imetnikov rejnih živali in Evidenci rejnih živali (Uradni list RS, št. 87/14 in 15/16), biti registriran na UVHVVR po Pravilniku o zaščiti rejnih živali, individualno označevati jajca s številko, ki jo dobi ob registraciji, izvajati monitoring in nadzor salmonel - vzorčenje na salmonelo, jajca razvrščati po kakovosti in masi, imeti odobren pakirni center za jajca in dovoljenje za razvrščanje jajc.